Obwohl das südliche Auger-Observatorium sich noch im Aufbau befindet, wurde die Datennahme mit dem ständig wachsendem Detektorfeld schon begonnen. Die bisher seit Januar 2004 gesammelte Statistik entspricht etwa der eines Jahres Beobachtungszeit mit dem vollständigen Südobservatorium und übertrifft bei weitem die früherer Experimente.
Schon die Auswertung der bisher gemessenen Ereignisse hat bedeutende neue wissenschaftliche Erkenntnisse gebracht. So wurde eine Unterdrückung des Flusses Kosmischer Teilchen mit Energien oberhalb von 5x1019 eV zweifelsfrei nachgewiesen und damit die widersprüchlichen Ergebnisse älterer Experimente geklärt. Weiterhin wurde festgestellt, dass die höchstenergetischen Teilchen wahrscheinlich eine Mischung aus leichten Atomkernen mit einer mittleren Masse im Massenbereich zwischen Helium und Silizium sind. Es konnten keine Photonen oder Neutrinos bei den höchsten Energien nachgewiesen werden, was die Zahl der möglichen exotischen Szenarien für die Quellen der Teilchen deutlich einschränkt. Eines der interessantesten Ergebnisse ist die starke Korrelation der höchstenergetischen Teilchen mit aktiven Galaxiekernen der näheren Umgebung unserer Milchstrasse. Es ist ein erster Hinweis, dass diese Teilchen in der Nähe von gigantischen Schwarzen Löchern mit mehr als 100.000 Sonnenmassen beschleunigt werden könnten.